Segundo a lei Nº 5.991, de 17 de novembro de 1973, a farmácia é um “estabelecimento de manipulação de formas magistrais e oficinais, de comércio de drogas e medicamentos, insumos farmacêuticos e correlatos, compreendendo o de dispensação e o de atendimento privativo de unidade hospitalar ou de qualquer outra equivalente de assistência médica”. Ou seja, a farmácia é um estabelecimento que realiza a dispensação de medicamentos e pode manipular formulações e comercializá-las. Nesta mesma lei, as drogarias estão definidas como “estabelecimento de dispensação e comércio de drogas, medicamentos, insumos farmacêuticos e correlatos em suas embalagens originais”.

A principal diferença entre ambas é que enquanto a farmácia pode realizar a manipulação de fórmulas, a drogaria não pode. De forma resumida, podemos dizer que as diferenças entre Farmácia e Drogaria consistem em:

Farmácia X Drogaria

Pode vender e dispensar medicamentos que não sejam industrializados	Pode vender e dispensar apenas produtos industrializados nas suas embalagens originais
Pode manipular fórmulas, oficinas e medicamentos

Ambas podem prestar pequenos procedimentos de saúde à população.

De forma geral, podemos concluir que toda Farmácia pode ser uma Drogaria, mas nem toda Drogaria é uma Farmácia.

Isso porque o aspecto comercial nas drogarias é predominante, mesmo que em ambas seja obrigatória a presença de um farmacêutico.

Mesmo assim, apesar dessas diferenças, muitas Drogarias utilizam o nome de Farmácia, já que a opção de manipulação de remédios pela farmácia não é obrigatória, mas sim, opcional. Ou seja, as Farmácias podem ser ou não Farmácias de manipulação.

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Referências:
Farmaconjr (qual a diferenca entre farmacia e drogaria)
i3wfarma (diferenca entre farmacia e drogaria)